Το Ελεγκτικό Συνέδριο αποτελεί τον μακροβιότερο θεσμό του Ελληνικού Κράτους, λειτουργώντας αδιαλείπτως από τις απαρχές της συστάσεώς του.

Οι ρίζες του ανάγονται στο έτος 1829, όταν, επί κυβερνήσεως Ιωάννη Καποδίστρια, συστάθηκε με το Γ΄ Ψήφισμα της 26ης Ιουλίου της Δ΄ Εθνοσυνέλευσης του Άργους το «Λογιστικόν και Ελεγκτικόν Συμβούλιον», ανεξάρτητο όργανο με αρμοδιότητα τον έλεγχο και τη θεώρηση των λογαριασμών των Υπουργείων, με σκοπό την πρόληψη σφετερισμών και καταχρήσεων στις πραγματοποιούμενες από τους Υπουργούς πληρωμές.

Η οργάνωση του νεοπαγούς αυτού ελεγκτικού θεσμού ανατέθηκε στον Αρτεμόν Ρενύ (Arthemond Regny), ο οποίος διατέλεσε και ο πρώτος Πρόεδρος του συσταθέντος με το β.δ/γμα της 27ης Σεπτεμβρίου/9ης Οκτωβρίου 1833 “Ελεγκτικού Συνεδρίου”, διαδόχου του «Λογιστικού και Ελεγκτικού Συμβουλίου». Με το διάταγμα αυτό καθιερώθηκε ρητώς η καταλογιστική αρμοδιότητα του Ελεγκτικού Συνεδρίου επί των δημοσίων υπολόγων και ο κατασταλτικός έλεγχος «όλου του λογιστικού του Κράτους». Ως εγγυήσεις της λειτουργίας του Ελεγκτικού Συνεδρίου, θεσπίσθηκαν διατάξεις που προέβλεψαν την ανεξαρτησία του από το Υπουργικό Σώμα και την άμεση εκτελεστότητα των αποφάσεων του, οι οποίες ηδύναντο να προσβληθούν μόνον με προσφυγή ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας.

Ο θεσμός του Ελεγκτικού Συνεδρίου ενδυναμώθηκε στη συνέχεια με την κατοχύρωση της ισοβιότητας των μελών του (άρθρο 87 Συντ. 1844), με την αρμοδιότητα κανονισμού των πολιτικών και στρατιωτικών συντάξεων (ν. ΜΓ΄ 13 Μαρτίου 1864) και την εκδίκαση των ενδίκων μέσων κατά των πράξεων αυτών, κατόπιν αναθέσεως της αρμοδιότητας έκδοσής τους στο Υπουργείο Οικονομικών (α.ν. 599/1968) και με την εισαγωγή του προληπτικού ελέγχου δαπανών (ν. ΑΥΟΖ΄ του 1887). Σημαντικούς σταθμούς στην εξελικτική πορεία του Ελεγκτικού Συνεδρίου αποτέλεσαν τα Συντάγματα ετών 1911 και 1952, στα οποία

περιελήφθησαν ειδικές διατάξεις για την κατοχύρωση της ισοβιότητας των μελών του και την αναβάθμισή του σε Ανώτατο Δικαστήριο με την εισαγωγή του ενδίκου μέσου της αίτησης αναίρεσης (ν.δ/γμα 2712/1953).

Με το ισχύον Σύνταγμα του 1975 (άρθρο 98) κατοχυρώθηκαν συνταγματικά οι αρμοδιότητες του Ελεγκτικού Συνεδρίου, που περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, τον έλεγχο των δαπανών του κράτους, της τοπικής αυτοδιοίκησης και των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου, τη σύνταξη έκθεσης προς τη Βουλή επί του απολογισμού και ισολογισμού του Κράτους, τη γνωμοδότηση επί των συνταξιοδοτικών νομοσχεδίων, τον κατασταλτικό έλεγχο των υπολόγων και την εκδίκαση διαφορών συνταξιοδοτικού χαρακτήρα και αστικής ευθύνης δημοσίων υπαλλήλων. Κατά τα έτη 1980-1981 έγινε συστηματική ταξινόμηση και κωδικοποίηση της νομοθεσίας που διέπει το Ελεγκτικό Συνέδριο (με τα π.δ. 774/1980 και π.δ. 1225/1981).

Ο ρόλος του Ελεγκτικού Συνεδρίου, ως Ανωτάτου Δημοσιονομικού Δικαστηρίου, ενισχύθηκε με τη συνταγματική αναθεώρηση του έτους 2001, με την οποία κατοχυρώθηκε συνταγματικά και η αρμοδιότητά του άσκησης προσυμβατικού ελέγχου νομιμότητας σε δημόσιες συμβάσεις μεγάλης οικονομικής αξίας.

Τέλος, με τους πρόσφατους νόμους 4700/2020 και 4820/2021 εκσυγχρονίστηκε περαιτέρω η λειτουργία του, με την αποσαφήνιση των αρμοδιοτήτων του, την απαρίθμηση των διενεργούμενων από ελέγχων, και την ενοποίηση και αναβάθμιση του δικονομικού και ουσιαστικού πλαισίου που το διέπει, σε αρμονία με τις επιταγές της νομολογίας του Ελεγκτικού Συνεδρίου, του Δ.Ε.Ε. και του Ε.Δ.Δ.Α.

Μέσα από την μακραίωνη ιστορία του, το Ελεγκτικό Συνέδριο έχει εδραιωθεί στην ελληνική έννομη τάξη ως το Ανώτατο Δημοσιονομικό Δικαστήριο, το οποίο, μέσω των δικαιοδοτικών, ελεγκτικών και γνωμοδοτικών αρμοδιοτήτων του, αποτελεί αναπόσπαστο πυλώνα του σύγχρονου κράτους δικαίου.